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Les procédures de contrôle de qualité sont adaptées au fonctionnement du RNCE, certaines sont définies dans le cadre du réseau français des registres des cancers FRANCIM.

Les procédures de respect de la sécurité et de la confidentialité des données ont été repensées à l’occasion de la fusion des bases de données des deux registres pédiatriques et de la connexion aux biothèques et aux données cliniques et thérapeutiques. Les disques de travail et tous les échanges de données sont cryptés. L’accès à distance de la base, se fait par connexion VPN sur un serveur Inserm. Deux sauvegardes sont faites quotidiennement par le plateau informatique avec un stockage en coffre ignifuge. Chaque membre du personnel signe obligatoirement un engagement au respect de la confidentialité des données.

La mise en place du recueil informatisé sur le terrain permet une standardisation et un contrôle des données dès la saisie. Les ARC reçoivent une formation spécifique aux recueils informatisés.

Les vérifications systématiques des  données ont été renforcées et adaptées aux évolutions.

A chaque export de données pour une exploitation statistique, et au minimum une fois par an, un contrôle de la qualité des données est effectué, portant sur les critères d’inclusion, ainsi que des contrôles de cohérences portant sur les variables de diagnostic.

La numérisation des données, leur sécurité, le circuit de validation ainsi que la multiplication des croisements avec différentes bases permet actuellement de garantir la qualité des données de la base du registre.